Баян-Өлгий аймагт өнгөрсөн оны жилийн эцсийн мэдээгээр 4 өрхийн эрүүл мэндийн төв, 14 сум дундын эрүүл мэндийн төв, 1 Нэгдсэн эмнэлэг эмнэлэгүйл ажиллагаа явуулж байгаа. Мөн ортой 5 хувийн эмнэлэг, 19үүдэн эмнэлэг, 2 сувилал байна.

Эдгээр эрүүл мэндийн байгууллагуудад 287 их эмч ажилладаг. Эмч нарын 228 нь аймгийн төвд, 59 нь хөдөө сумдад хөдөлмөрлөж байна. Сумдаас Дэлүүн сум хамгийн олон буюу 9, Ногооннуур, Цэнгэл сум тус бүр 7, Улаанхус сум 6 их эмчтэй.  Аймгийн хэмжээнд нэг их эмчид 380  хүн ногдож байна. Энэ нь улсын дунджаас 141, баруун бүсийн дунджаас 33 хүнээр их үзүүлэлт юм. Эмч нар жилд 32 мянга орчим хэвтэн эмчлүүлэгчид эмнэлгийн тусламж үзүүлж байна.